Recientemente tuve un problema con tomcat 6 que por alguna razón no reconocía los acentos que provenían del request, curiosamente con Glass Fish no tenía problemas buscando información en la red me tope con que tenia que agregar el atributo URIEncoding="UTF-8" en el tag Conector del archivo:
/Tomcat 6.0/conf/server.xml
< Connector port="8080" protocol="HTTP/1.1"
connectionTimeout="20000"
redirectPort="8443" URIEncoding="UTF-8" / >
Con lo anterior ya no tuve problema con la codificación de acentos y ñ.
Fuente:
http://stackoverflow.com/questions/138948/how-to-get-utf-8-working-in-java-webapps
